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中小企業者等以外の法人が、研究開発税制等の特定税額控除規定を適用する場合、「特定税額控除規定の不適用措置」が設けられている（措法42の13⑤）。グループ通算制度を適用している法人は、同不適用措置の適用要件のひとつである継続雇用者給与等支給額に係る要件について個社ごとに判定することとなる。
特定税額控除規定の不適用措置については、「継続雇用者給与等支給額＞継続雇用者比較給与等支給額」等といった複数の適用要件のいずれにも該当しない場合、特定税額控除規定の適用を受けることができない。
継続雇用者給与等支給額に係る要件では、「資本金の額等が10億円以上かつ常時使用する従業員の数が1,000人以上」又は「常時使用する従業員の数が2,000人超」の場合、継続雇用者給与等支給額からその継続雇用者比較給与等支給額を控除した額の継続雇用者比較給与等支給額に対する割合が１％以上と厳格化された上乗せ要件を充足する必要がある。
上乗せ要件の対象か否かを判定する際、グループ通算制度を適用している場合には、「通算法人若しくはその通算法人の対象年度終了の日においてその通算法人との間に通算完全支配関係がある他の通算法人」の“いずれか”で判断する（措法42の13⑦三）。つまり、グループ内で個社ごとに判定し、１社でも「資本金の額等が10億円以上かつ常時使用する従業員の数が1,000人以上」等に該当すれば上乗せ要件の対象となり、グループ全体で増加割合１％以上の要件を満たす必要がある。
なお、上乗せ要件の判定に当たっては、「対象年度終了の日」に通算完全支配関係があるか否かで判断するため、同日までにグループから離脱した企業が上乗せ要件の対象法人に該当していたとしても、離脱したグループに影響することはないといえよう。
税務通信令和７年２月24日号より
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