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法人が国等から助成金の支給を受ける場合、時期によっては支給決定日と入金日が決算期末をまたぐこともあろう。賃上げ促進税制を適用する場合、この助成金の金額は、「支給決定日の属する事業年度における給与等支給額」から“補填額”として控除する。
同税制の適用判定で用いる継続雇用者給与等支給額などの基礎となる給与等支給額とは、所得税法上の給与等（所法28①）を指す。ただし、給与等に充てるため他の者から支払を受ける金額である“補填額”は、給与等支給額から控除しなければならない（措法42の12の５⑤四）。
補填額に該当するものとして、例えば、出向元法人が出向先法人から支払を受けた給与負担金や、キャリアアップ助成金、トライアル雇用助成金、人材確保等支援助成金などといった助成金（雇用安定助成金額を除く）が挙げられる。こうした助成金は、通常、支給決定から一定期間後に指定の口座に入金される。法人税法上は、原則として、助成金の支給を受けるという権利が確定する「支給決定日の属する事業年度」に収益計上する（法法22②④等）。
助成金を補填額として控除する対象の給与等支給額についても、収益計上時期と同様に、助成金の支給権利が確定する「支給決定日」をベースに判断するという。例えば、３月決算法人のA社が、令和７年３月25日に助成金（40万円）の支給決定を受け、同年４月10日に40万円が入金された場合、同年３月期の給与等支給額から補填額として40万円を控除することになる。
なお、令和６年度改正により、役務の提供の対価として支払を受ける金額（看護職員処遇改善評価料、介護職員処遇改善加算、ベースアップ評価料など）は、補填額に該当しないこととされたため、給与等支給額に含めることになる（措法42の12の５⑤三、四等、No.3842）。
税務通信令和７年５月19日号より
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