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消費税の還付を受けることができる者は課税事業者に限られる。免税事業者が設備投資等をして還付申告する場合には、原則としてその課税期間の開始前に課税事業者選択届出書を提出し、課税事業者に転換している必要がある(消法９④)。
令和５年10月１日から令和11年９月30日までの日の属する課税期間中に免税事業者がインボイスの登録申請書を提出して登録を受ける場合、登録希望日から課税事業者となり、課税事業者選択届出書の提出が不要となる経過措置がある (28年改正法附則44④、30年改正消令附則15②、消基通21-1-1)。登録希望日は、登録申請書の提出日から15日以降の日とされ、登録が完了した日が登録希望日後となった場合でも、登録希望日に登録を受けたものとみなされる(30年改正消令附則15②③)。
設備投資等を行おうとする免税事業者が、経過措置の適用を受けてインボイス登録し、課税事業者として還付申告する場合、設備取得に係る消費税額について、設備取得がインボイスの登録申請書の提出後であっても、登録希望日前であれば還付申告の対象にならない。
例えば、インボイスの登録申請書をⅩ年９月10日(提出日)に提出し、登録希望日がⅩ年10月１日、設備を取得したのがⅩ年9月25日(取得日)だったとする。この場合、提出日は取得日より前だが、課税事業者となるのは取得日より後の10月１日であるため、取得した設備に係る消費税額について還付を受けられない。
なお、棚卸資産の仕入れについては免税事業者から課税事業者になる際の調整計算が設けられているため、仕入税額控除の適用が可能だが、棚卸資産の明細を記録した書類の保存が必要な点に注意されたい(消法36②、30年改正消令附則17)。
税務通信令和８年６月15日号より
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